配体结合位点、蛋白质架构与能量及构象涨落相关路径之间的关系
生物物理
2015-05-28 v1 软凝聚态物质
生物大分子
摘要
本文解释了天然蛋白质中能量与残基位置涨落的统计热力学基础。蛋白质及其周围环境被视为一个正则系综，重点关注两者之间能量交换的效应。能量的涨落与残基位置的涨落相关，而后者又与蛋白质的连接矩阵相关，从而建立了能量涨落路径与蛋白质架构之间的联系。该模型给出了配体结合热点的位置，并识别了蛋白质内部的能量传导路径。结果以两组模型进行讨论，即BPTI和十二个含有PDZ结构域的蛋白质。指出了该模型可能用于确定一组不同蛋白质中功能相似的结构域。
引用
@article{arxiv.1105.0956,
title = {Relationships between ligand binding sites, protein architecture and correlated paths of energy and conformational fluctuations},
author = {Burak Erman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1105.0956},
year = {2015}
}
备注
25 pages, 6 figures