PUB-MS：一种基于质谱的体内蛋白质邻近性监测方法
分子网络
2011-08-30 v1
摘要
研究体内蛋白质邻近性的常用技术未能很好地适应标准蛋白质组学实验室的能力与专长，这类实验室通常以质谱为基础。为弥补这一差距，我们开发了 PUB-MS（邻近利用生物素化与质谱法），一种基于将融合了生物素受体肽（BAP）的蛋白质与其相互作用伴侣融合的生物素连接酶 BirA 进行生物素化来监测蛋白质邻近性的方法。BAP 的生物素化状态可进一步通过 Western 印迹或质谱检测。我们重新设计了 BAP 序列，以便通过 LC-MS/MS 轻松监测其生物素化状态。在多个实验模型中，我们证明当 BAP 与 BirA 融合蛋白彼此邻近时，体内生物素化会特异性增强。通过在同一实验中使用不同序列的 BAP（允许多重分析）以及使用稳定同位素，展示了质谱的优势。最后，我们表明该方法也可用于研究目标蛋白中在分析前某一预定时间与另一蛋白邻近的特定亚组分。
引用
@article{arxiv.1108.5657,
title = {PUB-MS - a mass-spectrometry-based method to monitor protein-protein proximity in vivo},
author = {Arman Kulyyassov and Muhammad Shoaib and Andrei Pichugin and Patricia Kannouche and Erlan Ramanculov and Marc Lipinski and Vasily Ogryzko},
journal= {arXiv preprint arXiv:1108.5657},
year = {2011}
}
备注
46 pages, 5 main Figures and 7 supplementary Figures