探索硫酸二甲酯用于体内蛋白质组足迹分析
分子网络
2010-12-21 v1
摘要
蛋白质足迹分析是一种基于探测（通常使用质谱法）不同氨基酸残基对修饰试剂反应性的新方法。由此获得的数据可以推断蛋白质构象及其分子间相互作用。迄今为止，大多数蛋白质足迹分析研究都是在体外对单个蛋白质进行的。我们探索了是否可以对活细胞内的蛋白质采用类似的方法，使用硫酸二甲酯 (DMS)——一种广泛用于核酸体内足迹分析的试剂。DMS 可诱导蛋白质上的赖氨酸、组氨酸和谷氨酸残基发生甲基化。利用体外组装的组蛋白 H2B/H2AZ 异二聚体以及从体内处理的染色质中获得的模型，我们证明氘代 DMS 的甲基化可以区分特定残基在蛋白质环境/结构背景内外的可及性。检测体内蛋白质构象或其相互作用的变化，可以为识别参与各种细胞内通路的蛋白质提供新方法，并有助于寻找潜在的药物靶点和疾病生物标志物。
引用
@article{arxiv.1012.4313,
title = {Exploring dimethylsulfate for in vivo proteome footprinting},
author = {Pasquale Moio and Arman Kulyyassov and Damien Vertut and Luc Camoin and Erlan Ramankulov and Marc Lipinski and Vasily Ogryzko},
journal= {arXiv preprint arXiv:1012.4313},
year = {2010}
}
备注
28 pages, 5 figures