分子回路拓扑的多项式不变量
几何拓扑
2021-09-07 v1
摘要
回路拓扑的拓扑框架近来被引入以补充纽结理论，并有助于理解分子折叠的物理机制。自然进化的线性分子链，如蛋白质和核酸，常折叠成具有关键链缠结以及由链不同部分之间形成接触所稳定的局部或全局结构对称性的三维构象。回路拓扑捕捉给定折叠线性链内链内接触的分布，并允许对链进行分类与比较。接触使链段保持物理邻近，可以是机械刚性连接，也可以是约束物理链的软缠结。与提供了许多既定纽结不变量的纽结理论相反，回路不变量尚在发展中。在此，我们给出既高效又足够强大以处理任意软硬接触组合的多项式不变量。我们还提供了计算机实现以及至多三个接触的链表。
引用
@article{arxiv.2109.02391,
title = {Polynomial Invariant of Molecular Circuit Topology},
author = {Alireza Mashaghi and Roland van der Veen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2109.02391},
year = {2021}
}