沙雷氏菌属的泛基因组分析

泛基因组分析是解读细菌物种基因组异质性和多样化的标准流程。通过定义并比较核心（保守）、附属（非必需）和独特（菌株特异性）基因库与其他感兴趣菌株的差异，可以追溯物种进化。在此，我们呈现了对沙雷氏菌属的泛基因组分析，该分析包含一个由 100 个基因组组成的数据集。这些分离株具有从临床到环境的多种来源，并由该属的十个不同物种以及代表性菌株粘质沙雷氏菌的两个亚种组成。在数据集的 19430 个非冗余编码 DNA 序列 (CDS) 中，972 个 (5%) 属于核心基因组。这些基因大多数与代谢功能相关，其次是细胞过程/信号传导、信息存储/处理，而其余基因的功能则知之甚少。10135 个 CDS (52.16%) 与附属基因组相关，而 8321 个 CDS (42.82%) 是独有基因或菌株特异性基因。泛基因组直系同源基因簇的数量与基因组数量呈正相关，而核心基因组则呈负相关。对基因组进行了比对，以获取关于共线性、插入/倒位、缺失和重复的信息。本研究为沙雷氏菌属物种的变异提供了见解，并为在属水平上对其他细菌物种进行泛基因组分析铺平了道路。