针对具有二级结构稳定性和不稳定性的蛋白质系统的力场参数优化

我们提出了一种改进蛋白质系统力场参数的新方法。在该方法中，实验获得的蛋白质构象与分子动力学模拟获得的蛋白质构象之间在二级结构稳定性和不稳定性方面的一致性，被用作力场参数优化的判据。作为本方法应用的一个实例，我们通过搜索主链二面角 $\psi$ (N-C$^{\alpha}$-C-N) 和 $\zeta$ (C$^{\beta}$-C$^{\alpha}$-C-N) 的扭转能参数空间，改进了 AMBER ff99SB 力场的力场参数集。随后，我们使用优化后的力场对 $\alpha$-螺旋和 $\beta$-发夹肽进行了折叠模拟。结果表明，新的力场参数给出的结构比原始 AMBER ff99SB 力场更符合实验推论。