利用靶向元动力学对Amber RNA力场进行经验校正
生物大分子
2016-11-21 v1 统计力学
生物物理
化学物理
计算物理
摘要
核酸构象转变的计算研究仍面临许多挑战。例如，在单链RNA四核苷酸的情况下，由于分子动力学模拟中常用力场的不准确性，模拟与实验之间的一致性并不令人满意。我们在此利用从高分辨率X射线结构中收集的实验数据，尝试改进最新版本的AMBER力场。一种改进的元动力学算法被用于计算校正势，这些校正势旨在强制实现骨架扭转角的实验分布。包含这些校正势的四核苷酸副本交换模拟显示，对于含有嘧啶碱基的寡核苷酸，与独立的溶液实验的一致性显著提高。尽管所提出的校正似乎不能移植到通用RNA系统，但模拟揭示了α和β骨架角对调控RNA构象系综的重要性。本文提出的校正协议为力场精化提供了一种系统性的程序。
引用
@article{arxiv.1605.00934,
title = {Empirical corrections to the Amber RNA force field with Target Metadynamics},
author = {Alejandro Gil-Ley and Sandro Bottaro and Giovanni Bussi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1605.00934},
year = {2016}
}