蛋白质系统中依赖氨基酸的主链扭转能项

Yoshitake Sakae; Yuko Okamoto

doi:10.1063/1.4774159

蛋白质系统中依赖氨基酸的主链扭转能项

统计力学 2015-06-05 v1 生物物理生物大分子

作者: Yoshitake Sakae , Yuko Okamoto

在 arXiv 上查看 ↗ PDF ↗ DOI ↗

摘要

许多常用的蛋白质系统力场，如 AMBER、CHARMM、GROMACS、OPLS 和 ECEPP，其主链扭转能项的力场参数不依赖于氨基酸。在此，我们提出了一种新型的力场中依赖氨基酸的扭转能项。作为示例，我们将此方法应用于 AMBER ff03 力场，并利用我们的优化方法（一种基于知识的方法）确定了每种氨基酸的 $\psi$ 和 $\psi'$ 角的新依赖氨基酸参数。为了测试新力场参数的有效性，我们随后使用优化后的力场对 $\alpha$ -螺旋和 $\beta$ -发夹肽进行了折叠模拟。结果表明，与原始 AMBER ff03 力场相比，新的力场参数给出的结构与实验推论更为一致。

关键词

力场依赖氨基酸的参数主链扭转能蛋白质折叠 AMBER ff03 分子动力学基于知识的方法

引用

@article{arxiv.1206.3909,
  title  = {Amino-acid-dependent main-chain torsion-energy terms for protein systems},
  author = {Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1206.3909},
  year   = {2015}
}

备注

10 pages, (Revtex4.1), 3 tables, 6 figures

蛋白质系统中依赖氨基酸的主链扭转能项

摘要

关键词

引用

备注

相关论文