利用蛋白数据库优化蛋白力场参数
统计力学
2009-11-10 v1 生物大分子
摘要
我们提出了一种新颖的方法，用于优化蛋白系统的现有力场参数。该方法包括对蛋白数据库中结构的每个原子所受力的平方和进行最小化。我们将此优化应用于 AMBER parm96 力场的部分电荷和扭转能参数，使用来自蛋白数据数据库中的 100 个分子。随后我们对 α-螺旋和 β-折叠肽进行折叠模拟。经优化的力场参数给出的结构与实验数据更接近，而不是原始的 AMBER 力场。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0309110,
title = {Optimization of protein force-field parameters with the Protein Data Bank},
author = {Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0309110},
year = {2009}
}
备注
17 pages, (LaTeX), 5 figures