通过参数优化设计蛋白质势能势 Landscape
软凝聚态物质
2007-05-23 v1 生物大分子
摘要
我们提出了一种自动化协议，用于通过优化其参数来设计蛋白质能量函数的能量景观。参数优化旨在使全局最小能量构象具有野生型特征，同时使与野生型结构不同的构象能量高于接近野生型的构象。我们成功地将该协议应用于UNRES势能的参数优化，使用了 betanova、1fsd 以及鸡肉蜘蛛蛋白头段的 36 段脱氨酶（PDB ID 1vii），以及金黄色葡萄球菌蛋白 A 的 10-55 段碎片（PDB ID 1bdd）。与仅调整野生型构象最低能量与非野生型构象能量差的早期方法相比，新的参数优化方法表现更佳。我们还对未纳入训练集的其他蛋白质进行了 jackknife 测试，取得了有前景的结果。结果表明，我们使用的四种蛋白质训练集获得的参数在一定程度上可被移植到其他蛋白质。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0309662,
title = {Design of a Protein Potential Energy Landscape by Parameter Optimization},
author = {Julian Lee and Seung-Yeon Kim and Jooyoung Lee},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0309662},
year = {2007}
}
备注
17 pages, 9 figures, revtex