使用CHARMM和AMBER力场改进分子动力学模拟中胺-羧酸盐与胺-磷酸盐相互作用的参数化
生物物理
2017-04-05 v1 化学物理
生物大分子
摘要
在过去的几十年中，生物分子的分子动力学(MD)模拟已成为主流生物物理技术。随着MD方法适用的长度和时间尺度增加，经验力场的缺点——这些力场是使用相对较小分子的较短模拟开发和验证的——变得明显。一个常见假象是由人为强电荷-电荷相互作用驱动的水溶性生物分子聚集。在此，我们报告了描述胺-羧酸盐和胺-磷酸盐相互作用的伦纳德-琼斯参数(NBFIX)的系统性精炼，其使碱性肽介导的核酸组装和脂质双分子层膜的MD模拟与实验更吻合。由于我们的精炼既不影响成键相互作用的现有参数化，也不改变溶剂化自由能，因此它在不引入额外假象的情况下提高了MD模拟的真实感。
引用
@article{arxiv.1510.02056,
title = {Improved Parameterization of Amine-Carboxyate and Amine-Phosphate Interactions for Molecular Dynamics Simulations Using the CHARMM and AMBER Force Fields},
author = {Jejoong Yoo and Aleksei Aksimentiev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.02056},
year = {2017}
}