UniSim：面向生物分子时间粗粒化动力学的统一模拟器
生物大分子
2026-04-21 v4 机器学习
摘要
分子动力学(MD)模拟对于理解分子系统的原子级行为至关重要，能够深入揭示其转变与相互作用。然而，经典 MD 技术受限于精度与效率之间的权衡，而近期基于深度学习的改进大多集中于单域分子，缺乏对陌生分子系统的可迁移性。因此，我们提出了统一模拟器(Unified Simulator, UniSim)，利用跨域知识来增强对原子相互作用的理解。首先，我们采用多头预训练方法，从大规模且多样化的分子数据中学习统一的原子表示模型。然后，基于随机插值框架，我们从 MD 轨迹中学习长时间步长的状态转移模式，并引入力引导模块以快速适应不同的化学环境。我们的实验表明，UniSim 在小分子、多肽和蛋白质上均取得了极具竞争力的性能。
引用
@article{arxiv.2506.03157,
title = {UniSim: A Unified Simulator for Time-Coarsened Dynamics of Biomolecules},
author = {Ziyang Yu and Wenbing Huang and Yang Liu},
journal= {arXiv preprint arXiv:2506.03157},
year = {2026}
}
备注
ICML 2025 poster