使用 MBN Explorer 研究生物系统中的化学反应：具有动态拓扑的分子力学实现
化学物理
2016-10-07 v2 生物物理
摘要
如今，分子力学力场的概念已被广泛接受用于研究生物分子系统中的各种过程。在本文中，我们提出对标准 CHARMM 力场的一种修改，允许模拟具有动态变化分子拓扑的系统。该修改后的力场已在流行程序 MBN Explorer 中实现，并且为了支持这一开发，我们提供了几个需要动态拓扑的说明性案例研究。特别是，我们展示了修改后的分子力学力场可用于研究化学键断裂起关键作用的过程，例如辐照或碰撞引起的损伤，以及涉及生物分子系统的转化和碎裂过程。
引用
@article{arxiv.1507.03423,
title = {Studying chemical reactions in biological systems with MBN Explorer: implementation of molecular mechanics with dynamical topology},
author = {Gennady B. Sushko and Ilia A. Solov'yov and Alexey V. Verkhovtsev and Sergey N. Volkov and Andrey V. Solov'yov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1507.03423},
year = {2016}
}
备注
12 pages, 10 figures, accepted for publication in Eur. Phys. J. D