蛋白质数据库正常模式分析的敏感性：GH10木聚糖酶的应用
生物大分子
2015-12-01 v2
摘要
蛋白质数据库条目通过其三维坐标文件的正常模式分析获得独特且可复现的柔性特征。我们通过分析一类糖苷酶（家族10木聚糖酶）的结果来研究该技术的有效性和敏感性。根据X射线晶体学电子密度数据，一个似乎影响活性位点可及性的保守色氨酸可以处于两种构象之一。该活性位点色氨酸的两种交替取向导致不同的柔性谱，其中一种取向阻碍了另一种取向中观察到的振荡。此外，该侧链的特定取向影响我们称之为“槌区”的远端C末端区域的运动性表现。已知槌区将该酶家族的成员分为两类。
引用
@article{arxiv.1504.07303,
title = {On the Sensitivity of Protein Data Bank Normal Mode Analysis: An Application to GH10 Xylanases},
author = {Monique M. Tirion},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.07303},
year = {2015}
}