蛋白质二级结构、主链键角和侧链取向之间的相关性

我们研究了 sp3 杂化共价键几何的精细结构，该结构控制着蛋白质主链中心 C$_\alpha$ 碳周围的四面体架构，为此我们开发了新的可视化技术来分析蛋白质数据库中的高分辨率 X 射线结构。我们观察到理想四面体对称性的变形与蛋白质的局部二级结构之间存在相关性。我们提出了一个通用的粗粒化能量函数，用于根据 C$_\beta$ 碳取向描述随后的侧链几何。该能量函数可以以亚原子精度模拟侧链几何。作为示例，我们构建了 HP35 鸡绒毛蛋白头片的 C$_\alpha$-C$_\beta$ 结构。我们获得了一个构型，其均方根距离与实验 X 射线结构的偏差小于 0.4 Å。