用于建模核小体修饰DNA的新平滑连接开放曲线
生物物理
2019-10-04 v1
摘要
我们引入一种解析方法以生成闭合蛋白质结合DNA微环的路径。这是一种通用方法，可用于连接任意两条具有明确定义数学描述的开放曲线，以及实验中发现的离散系统对。我们使用该方法描述了具有两个均匀间隔的理想核小体、松弛扭转的360碱基对DNA环的构型。我们考虑了具有不同DNA包裹程度超螺旋核小体路径，并允许不同的核小体间取向。我们用平滑连接器补全DNA环，并研究了在无盐和含盐条件下不同构型相关的弯曲能和静电能。预测的稳态与在低和高盐条件下观察到的重组微环极为相似。
引用
@article{arxiv.1910.01119,
title = {New smoothly connecting open curves for modeling nucleosome-decorated DNA},
author = {Seyed A. Sabok-Sayr and Wilma K. Olson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1910.01119},
year = {2019}
}
备注
11 pages, 4 figures, and 5 tables