DNA游走与轨迹的多重分形分析
统计力学
2009-11-07 v2 q-bio
摘要
由于DNA具有由不同核苷酸组成、不同长度且相互交织的许多片段构成的镶嵌特性，表征DNA序列的长程有序和分形性质已被证明是一项困难但极具价值的任务。我们在此应用最近提出的一种去趋势涨落分析方法的推广形式，表明DNA游走构造（即将DNA序列视为时间序列）无论序列中是否存在局部趋势，均展现出单分形结构。此外，我们指出DNA游走的单分形结构延续到了一种看似替代的图形构造中，即由DNA游走在 个空间坐标上的投影所给出的、被称为DNA轨迹的构造。特别地，我们利用分形理论中将 与相应DNA游走的Hurst指数 联系起来的著名结果，计算了DNA轨迹的分形维数 。通过与标准盒计数法获得的估计值进行比较，评估了有限长度和局部趋势的效应。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0209396,
title = {Multifractal analysis of DNA walks and trails},
author = {Alexandre Rosas and Edvaldo Nogueira and José F. Fontanari},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0209396},
year = {2009}
}
备注
1 - We have changed the title of the paper, which reads now ``Multifractal analysis of DNA walks and trails''. 2 - We have clarified the meanings of $s(n)$, $s_\nu (n)$, $m$, etc.. 3 - We have now pointed out in all places that the DNA walks exhibit a monofractal structure regardless of the existence of local trends in the series. 6 pages, 5 figures