核糖体小亚基组分间的分子相互作用
生物大分子
2012-12-06 v1
摘要
不同物种核糖体亚基高分辨率晶体结构的可用性，为研究其组分间的分子相互作用及稳定策略开辟了途径。对核糖体小亚基的结构分析表明，初级结合蛋白主要通过其高的负结合自由能来稳定折叠的核糖体RNA，而三级结合蛋白主要帮助稳定蛋白质-蛋白质界面。次级结合蛋白则兼具这两种功能。原核和真核核糖体蛋白因与16S核糖体RNA复合而发生的构象变化，与其RNA界面面积和结合自由能呈线性相关。具有深埋于核糖体RNA内的长延伸段的蛋白质，其结构比那些位于亚基表面的蛋白质更具柔性。相比大肠杆菌的核糖体蛋白，嗜热栖热菌的核糖体蛋白经历了更大的构象变化，确保了高温环境下的结构稳定性。研究揭示了核糖体蛋白-RNA界面的一般稳定策略，即高界面极性确保了即使在低碱基/骨架比率下也具有高表面密度的氢键。极性在核糖体蛋白的进化策略中受到调控。因此，两个物种的栖息地环境条件优化了其核糖体蛋白-RNA界面，以改变其物理参数从而实现稳定。
引用
@article{arxiv.1212.0961,
title = {Molecular interactions between the constituents of small ribosomal subunit},
author = {Saurav Mallik and Sudip Kundu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1212.0961},
year = {2012}
}
备注
9 pages and 1 figure