具有内摩擦的柔性链在不同紧密程度下的成环动力学
软凝聚态物质
2015-06-02 v1
摘要
近来单分子实验显示了内摩擦在生物聚合物动力学中的重要性。此类研究还表明，内摩擦虽与溶剂黏度无关，却强烈依赖于变性剂浓度。近期的模拟也通过指出弱相互作用是蛋白质中内摩擦的起源，支持了上述命题。本文尝试利用最近提出的带内摩擦的紧致化 Rouse 模型（Compacted Rouse with internal friction, CRIF），研究具有内摩擦的单条聚合物链在考虑变性剂存在的约束势中如何发生重构与成环动力学。我们还通过进一步扩展至带内摩擦的紧致化 Zimm 模型（Compacted Zimm with internal friction, CZIF）纳入了流体力学效应。所有计算均在 Wilemski Fixmann (WF) 框架内进行。通过改变约束强度，我们模拟了不同变性剂浓度下具有不同紧密程度的链。与实验相比，我们的结果吻合良好。
引用
@article{arxiv.1502.03312,
title = {Looping dynamics of flexible chain with internal friction at different degree of compactness},
author = {Nairhita Samanta and Rajarshi Chakrabarti},
journal= {arXiv preprint arXiv:1502.03312},
year = {2015}
}