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均聚物球体中的构象动力学与内摩擦:平衡与非平衡模拟

软凝聚态物质 2019-08-15 v1 生物物理

摘要

我们通过隐式溶剂布朗动力学模拟研究了均聚物球体中的构象动力学。观察到链内动力学对Lennard-Jones内聚强度{\epsilon}和球体尺寸NG的强烈依赖性。我们发现了两种不同的动力学状态:具有快速内部动力学的类液态状态({\epsilon} < {\epsilon}s)和具有缓慢内部动力学的类固态状态({\epsilon} > {\epsilon}s)。这种冻结转变的内聚强度{\epsilon}s取决于NG。我们将研究球体内链扩散动力学的平衡模拟与通过以指定速度拉动链端来展开球体的非平衡模拟(涵盖足够低的速度以达到线性响应粘性状态)进行了比较。从两种模拟方案中,我们推导出了球体内的内部粘度。在类液态状态下,内摩擦随{\epsilon}连续增加,并在NG中呈广延标度。这表明了一种内摩擦情景,其中整个链(或其广延部分)参与了球状结构的构象重组。

关键词

引用

@article{arxiv.1109.5387,
  title  = {Conformational dynamics and internal friction in homo-polymer globules: equilibrium vs. non-equilibrium simulations},
  author = {Thomas R. Einert and Charles E. Sing and Alfredo Alexander-Katz and Roland R. Netz},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1109.5387},
  year   = {2019}
}

备注

19 pages, 18 figures