具有内摩擦的柔性链的成环与重构动力学
软凝聚态物质
2014-06-25 v1
摘要
近期的实验和模拟表明，除了溶剂摩擦外，源于蛋白质本身的摩擦通过影响链内成环动力学，在蛋白质折叠中起着重要作用。文献中将这种摩擦称为内摩擦。利用具有内摩擦的柔性高斯链，我们分析了所有三种拓扑类别（即端到端、端到内部以及内部到内部）的链内重构时间和成环时间。简而言之，通过绕过昂贵的模拟，我们展示了如 Rouse 和 Zimm 之类的简单模型如何支持关于链内扩散系数、成环时间的单分子实验和计算机模拟结果，甚至能够预测尾长对成环时间的影响。
引用
@article{arxiv.1404.2488,
title = {Looping and reconfiguration dynamics of a flexible chain with internal friction},
author = {Nairhita Samanta and Jayanta Ghosh and Rajarshi Chakrabarti},
journal= {arXiv preprint arXiv:1404.2488},
year = {2014}
}