接触的非局域性决定染色质聚合物模型中的亚扩散指数
生物大分子
2023-07-12 v1 软凝聚态物质
摘要
马达蛋白的环挤出在兆碱基长度尺度上介导染色质中的吸引相互作用，赋予聚合物明确的结构，同时决定其动力学。染色质位点的均方位移随细胞类型、基因组区域和时间尺度的不同，从类Rouse标度变化到更受限的亚扩散。通过一个简单的聚合物模型，我们表明当模型参数选取得使接触沿链局域时，会出现此类类Rouse动力学；而在存在非局域接触时，我们在短时间尺度上观察到指数小于0.5的亚扩散。这些指数与参数的具体选择无关，并构成一条仅依赖于所得接触平均局域性的主曲线。我们将环挤出模型与具有静态连接的聚合物模型进行比较，表明在这种情况下也只有非局域接触的存在才能产生低指数亚扩散。我们用一个简单的解析模型对这些结果进行解释。
引用
@article{arxiv.2306.08301,
title = {Locality of contacts determines the subdiffusion exponents in polymeric models of chromatin},
author = {E. Marchi and Y. Zhan and G. Tiana},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.08301},
year = {2023}
}