无马达的挤出：基因组组织环挤出模型的新视角

C. A. Brackley; J. Johnson; D. Michieletto; A. N. Morozov; M. Nicodemi; P. R. Cook; D. Marenduzzo

无马达的挤出：基因组组织环挤出模型的新视角

生物物理 2020-10-07 v1 亚细胞过程

作者: C. A. Brackley , J. Johnson , D. Michieletto , A. N. Morozov , M. Nicodemi , P. R. Cook , D. Marenduzzo

摘要

染色质环挤出是形成CTCF环和拓扑结构域的一个流行模型。最近的HiC数据揭示了有利于稳定环的CTCF结合基序特定排列的强烈偏向，而挤出是迄今为止唯一能解释这一点的模型。然而，该模型需要马达来产生环，并且尽管cohesin是挤出因子的强候选者，但合适的马达蛋白（或cohesin自身的马达活性）尚未被发现。在此我们探索一个新假设：不存在马达，细胞核内的热运动驱动挤出。利用理论建模和计算机模拟，我们探究这种扩散性挤出是否可能生成环。我们的模拟揭示了一种有趣的棘轮效应（其中渗透压促进环生长），并且通过与近期体外和体内测量的比较表明，扩散性挤出原则上可以生成数据中观察到的尺寸的环。扩展视图见：C. A. Brackley, J. Johnson, D. Michieletto, A. N. Morozov, M. Nicodemi, P. R. Cook, and D. Marenduzzo “Non-equilibrium chromosome looping via molecular slip-links”, Physical Review Letters 119, 138101 (2017)

关键词

染色质环挤出基因组组织扩散性挤出热运动棘轮效应 CTCF环

引用

@article{arxiv.2010.02548,
  title  = {Extrusion without a motor: a new take on the loop extrusion model of genome organization},
  author = {C. A. Brackley and J. Johnson and D. Michieletto and A. N. Morozov and M. Nicodemi and P. R. Cook and D. Marenduzzo},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2010.02548},
  year   = {2020}
}

备注

7 pages, 3 figures

无马达的挤出：基因组组织环挤出模型的新视角

摘要

关键词

引用

备注

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