环挤出在染色体内距离统计中的足迹：一个可解析求解的模型
统计力学
2023-01-11 v1 生物物理
摘要
主动环挤出——由DNA结合蛋白复合物的马达活性形成动态增长的染色质环的过程——是真核生物和细菌在细胞周期各阶段负责染色质空间组织的已确立机制。通过恰当选择的聚合物模型，可获得环挤出对实验测量的染色质构象统计影响的数学理解。此处我们考虑最简单的可解析求解的间期染色体模型，将其视为具有足够稀疏随机环无序的理想链，其构象从平衡系综中采样。该框架使我们得出基因组位点对间均方位移的闭式解析表达式，该式在图表示的单环近似之外仍成立。此外，我们通过计算成对分离矢量概率密度的峰度，分析了环诱导的链构象偏离高斯统计的现象。所呈现的结果提出了基于尺度依赖的染色体内成对距离统计实验数据来估计环挤出过程特征的可能途径。
引用
@article{arxiv.2301.03856,
title = {Footprints of loop extrusion in statistics of intra-chromosomal distances: an analytically solvable model},
author = {Sergey Belan and Vladimir Parfenyev},
journal= {arXiv preprint arXiv:2301.03856},
year = {2023}
}
备注
5 figures