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染色质相互作用如何阐明非编码基因变异的解释:机遇与未来方向

基因组学 2024-11-28 v1

摘要

基因变异,包括拷贝数变异(CNVs)和基因组关联研究(GWAS)单核苷酸多态性(SNPs),代表影响基因组多样性和疾病易感性的结构性变异。虽然编码区变异已被广泛研究,但非编码和调控变异因其潜在对基因调控的影响而面临重大挑战,这些影响常因基因组的复杂性而被掩盖。染色质相互作用通过增强子-启动子相互作用组织基因组的空间结构并调控基因表达,主要发生在非编码区域。值得注意的是,超过 90% 的增强子——对于基因调控至关重要——驻扎在这些非编码区域,凸显了其在解释CNVs和GWAS关联SNP调控效应的重要性。在本研究中,我们将染色质相互作用数据与CNV和GWAS数据相集成,以揭示非编码变异的功能性意义。通过这种集成方法,我们为结构变异和疾病相关SNP如何破坏调控网络提供了新的见解,深化了对遗传复杂性的理解。这些发现为个人化医学提供了潜在途径,通过阐明疾病机制并为针对个体基因组轮廓的治疗策略提供指导。本研究强调了染色质相互作用在揭示非编码变异调控后果中的关键作用,弥合了遗传变异与表型结果之间的鸿沟。

关键词

引用

@article{arxiv.2411.17956,
  title  = {How chromatin interactions shed light on interpreting non-coding genomic variants: opportunities and future direc-tions},
  author = {Yuheng Liang and Sedigheh Abedini and Nona Farbehi and Hamid Alinejad-Rokny},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2411.17956},
  year   = {2024}
}

备注

27 pages, 6 figures