整合基因组学分析鉴定影响染色体间相互作用模式的人类染色体近着丝粒区域
基因组学
2014-01-13 v1
摘要
对人类染色体之间、与核仁、核纤层以及染色质状态调节蛋白 CTCF 和 STAT1 结合位点的长程相互作用密度分布的全基因组分析，揭示了所有这些特征沿染色体长度存在非随机且高度相关的密度分布模式。在选定的染色体上，在离散的基因组区域检测到所有这些相互作用的显著共富集与聚类，这些区域位于近着丝粒异染色质内，被命名为着丝粒间期染色质归巢区（CENTRICH）。与全基因组或染色体平均水平相比，CENTRICH 表现出高 199-716 倍的染色体间结合位点密度（p = 2.10E-101-1.08E-292）。序列比对分析表明，CENTRICH 代表大小为 3.9 至 22.4 Kb 的独特 DNA 序列，其特征为：1）与核仁相关；2）表现出高度多样化的结合染色质的染色质状态调节因子集合，包括 CTCF 和 STAT1 结合位点的显著富集；3）结合多个具有明确长程增强子活性且与上皮恶性肿瘤及其他常见人类疾病发病风险增加有既定联系的多基因间疾病相关基因组位点（IDAGL）。以 CENTRICH 基因组坐标内 SNP 位点归巢位点的距离作为疾病相关 SNP 位点结合 CENTRICH 可能性的代理指标，我们证明了 SNP 位点结合 CENTRICH 的概率与 GWAS 定义的癌症、冠状动脉疾病和 2 型糖尿病风险增加的比值比之间存在统计学显著的相关性。我们的分析表明，着丝粒序列和近着丝粒异染色质在人类细胞中可能发挥超越其在染色体分离中关键功能的重要作用。
引用
@article{arxiv.1401.2238,
title = {Integrative genomics analysis identifies pericentromeric regions of human chromosomes affecting patterns of inter-chromosomal interactions},
author = {Gennadi V. Glinsky},
journal= {arXiv preprint arXiv:1401.2238},
year = {2014}
}