进化与重测序研究的设计指南
种群与进化
2013-07-19 v1
摘要
现有遗传变异为适应新环境提供了丰富的潜在有用突变库。实验进化研究已经证明，在实验室中也可以获得快速而强烈的表型选择响应。当与下一代测序技术结合时，这些实验有望识别出促成适应的单个位点。然而，到目前为止，关于这种进化与重测序（E&R）研究的设计知之甚少。在这里，我们使用整个基因组的前向模拟来评估不同的实验设计，旨在最大化检测选择变异的能力。我们表明，起始种群中的低连锁不平衡、种群大小、实验持续时间和重复次数是决定E&R研究功效和准确性的关键因素。此外，对于检测选择目标，重复E&R比增加种群大小更重要。使用优化设计，选择优势低至s=0.005的有益位点可以在核苷酸水平上被识别。即使同时选择大量位点，多达56%的位点可以被可靠检测，而不会产生大量假阳性。我们的计算机模拟表明，通过适当的实验设计，E&R研究是识别来自现有遗传变异的适应性突变的有力工具，从而为分析进化种群中选择等位基因的轨迹提供了极好的手段。
引用
@article{arxiv.1307.4954,
title = {Guidelines for the design of evolve and resequencing studies},
author = {Robert Kofler and Christian Schlötterer},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.4954},
year = {2013}
}