生物相互作用网络中鲁棒稳定性的图论刻画
最优化与控制
2023-02-13 v1 动力系统
分子网络
摘要
既往研究利用线性规划或迭代算法推断反应网络的鲁棒稳定性。此类算法对大型网络而言繁琐或计算不可行。此外，它们如同黑箱运作，无法为维持稳定性所必需的结构提供直观理解。本工作中，我们给出若干图判据，用于构造鲁棒稳定性证书、检验鲁棒非退化性、验证持久性（persistence）并建立全局稳定性。通过刻画一组保稳定图修改（包括酶促修饰基序），我们表明任意大规模非线性网络的稳定性可通过简单视觉检查来审视。我们展示了该技术在系统生物学普遍基序中的应用，如翻译后修饰（PTM）循环、核糖体流模型（RFM）、T细胞动力学校对及其他。
引用
@article{arxiv.2302.05090,
title = {Graphical characterizations of robust stability in biological interaction networks},
author = {M. Ali Al-Radhawi},
journal= {arXiv preprint arXiv:2302.05090},
year = {2023}
}