真核生物蛋白质相互作用网络的图论分析

得益于近期高通量实验技术的进展，典型多细胞物种——线虫 Caenorhabditis elegans 与果蝇 Drosophila melanogaster——的大规模蛋白质相互作用数据集已被测定。这些数据集主要通过酵母双杂交方法获得，该方法同时包含假阳性和假阴性。因此，尽管希望通过进一步的湿实验来验证此类数据集，我们在此调用近期发展的网络理论以简单方式检验此类高通量数据集。基于维持生命所必需的关键生物学过程在真核生物中具普遍性这一事实，并比较两种物种的蛋白质相互作用网络（PINs）与酵母 PIN 的结构特性，我们发现虽然线虫和酵母 PIN 数据集展现出相似的结构特性，当前的果蝇数据集尽管经过最全面的筛选，却并未如实地反映通用的结构特性。其模块性被抑制且缺乏连接相关性。向当前果蝇数据集中添加直向同源物（interlogs）可增加模块性并增强三角形模体的出现。然而，果蝇的连接相关性函数在这样的直向同源物添加下仍保持独特，我们通过一个计算建模给出了一种可能的情景。