基因组紊乱与乳腺癌易感性
基因组学
2014-06-17 v1
摘要
许多常见疾病具有复杂的遗传基础，其中大量遗传变异与环境及生活方式因素共同决定患病风险。然而，量化此类多基因效应及其与疾病风险的关系一直颇具挑战。为解决这些困难，我们开发了一种相对于参考人群衡量个体基因组信息含量的全局指标，可用于评估病例组与适当对照组之间全局基因组结构的差异。非正式地讲，我们将这一称为相对基因组信息（relative genome information, RGI）的指标量化为个体基因组的相对“紊乱”程度。为测试其预测疾病风险的能力，我们利用 RGI 比较了两组独立的早发性乳腺癌女性样本的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）基因型与三组独立的对照组。我们发现，与所有三组对照组相比，两组乳腺癌病例的 RGI 均显著升高，且疾病风险随 RGI 急剧上升（RGI 最高百分位数的比值比大于 12）。此外，我们发现这些差异并非源于少数疾病相关位点上常见变异的关联，而是源于全基因组分布的数千个标记物的联合关联。我们的结果表明，个体基因组的信息含量可用于衡量复杂疾病的风险，并提示早发性乳腺癌具有强烈的多基因基础。
引用
@article{arxiv.1406.3828,
title = {Genome disorder and breast cancer susceptibility},
author = {Conor Smyth and Iva Špakulova and Owen Cotton-Barratt and Sajjad Rafiq and William Tapper and Rosanna Upstill-Goddard and John L. Hopper and Enes Makalic and Daniel F. Schmidt and Miroslav Kapuscinski and Jörg Fliege and Andrew Collins and Jacek Brodzki and Diana M. Eccles and Ben D. MacArthur},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.3828},
year = {2014}
}