指数增长细胞群的基因组成
概率论
2020-06-05 v3 基因组学
种群与进化
摘要
我们研究了一个生长细胞群体中 DNA 进化的简单模型。每个细胞包含一段在细胞分裂时随机突变的核苷酸序列。细胞依据分支过程进行分裂。遵循细菌和癌细胞群体中典型的参数值，我们令突变率趋于零而最终细胞数趋于无穷。我们证明几乎每个位点（核苷酸序列的条目）仅在有限数量的细胞中发生突变，且这些数量在不同位点间相互独立。然而，对于在群体正分数中发生突变的稀有位点，独立性被破坏。该模型摆脱了流行但有争议的无限位点假设。无限位点假设的违背广泛存在，而在群体分数尺度上其对突变频率的影响可忽略不计。部分结果被推广到允许细胞死亡、选择以及位点特异性突变率的情形。作为示例，我们估计了肺腺癌中的突变率。
引用
@article{arxiv.1905.12355,
title = {Genetic composition of an exponentially growing cell population},
author = {David Cheek and Tibor Antal},
journal= {arXiv preprint arXiv:1905.12355},
year = {2020}
}