调控网络的功能比对：以温和噬菌体为例的研究

分子网络的设计与功能之间的关系现在是生物学中的一个关键问题。比较执行相似任务的调控网络可以深入理解网络结构如何受其所指导的功能的约束。我们在此讨论基于网络结构和信号逻辑的网络比对方法。通过引入用于衡量两个网络差异的局部和全局信号评分，我们量化了进化上近缘与远缘细菌噬菌体之间的相似性。尽管噬菌体$\lambda$与186在进化上分离很大，但当以全局信号衡量差异时，发现它们的网络是相似的。最后我们讨论了如何通过网络比对从网络视角来精确定位蛋白质相似性。