核开关转录终止子与隔离子的折叠动力学
生物大分子
2015-06-16 v1 生物物理
摘要
为了作为响应环境信号的基因调控元件发挥作用，核开关必须在适当的时间尺度上采用特定的二级结构。我们采用动力学蒙特卡洛模拟来模拟 TPP 核开关表达平台在转录过程中的时间依赖性折叠。根据我们的模拟，核开关转录终止子必须在转录完成时采用特定的发夹构型，其折叠效率高于 Shine-Dalgarno 隔离子，后者的正确结构仅在核糖体结合时才需要。我们的研究结果表明，核开关转录终止子序列是经过自然选择以实现高折叠效率的，而隔离子即使在存在显著错误折叠的情况下也能维持其功能。
引用
@article{arxiv.1307.3961,
title = {Folding Kinetics of Riboswitch Transcriptional Terminators and Sequesterers},
author = {Ben Sauerwine and Michael Widom},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.3961},
year = {2015}
}
备注
12 pages, 6 figures