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序列比对模型的精确渐近结果

基因组学 2009-11-10 v1 统计力学 统计理论 统计理论

摘要

解析地求出从 c 个字母表中抽取的一对随机序列的最长公共子序列(LCS)的统计量是计算进化生物学中的一个挑战性问题。我们给出了一个较简单但非平凡的原有模型变体(称为伯努利匹配(BM)模型)中 LCS 分布的精确渐近结果,该模型在 c 很大时退化为原模型。我们证明,在 BM 模型中,对所有 c,经适当标度的渐近 LCS 长度分布恒等于其条目取自高斯酉系综的随机矩阵最大本征值的 Tracy-Widom 分布。特别地,在 c 很大的极限下,这为原 LCS 问题中的渐近长度分布提供了一个精确表达式。

关键词

引用

@article{arxiv.q-bio/0410012,
  title  = {Exact Asymptotic Results for a Model of Sequence Alignment},
  author = {Satya N. Majumdar and Sergei Nechaev},
  journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0410012},
  year   = {2009}
}

备注

4 pages Revtex, 2 .eps figures included