晶格二聚体的演化动力学：蛋白质稳定性与亲和力权衡的玩具模型
统计力学
2023-12-06 v2 生物物理
定量方法
摘要
理解施加于生物系统的压力如何塑造其演化，是实现定向演化控制的关键。本文提出一个由两个相互作用晶格蛋白质组成的玩具模型，以量化其对由结合能定义的选择压力的响应。我们生成蛋白质序列数据，并研究二聚体的序列与结构性质如何受所施加选择压力的影响，包括在演化过程中与稳态下。特别地，我们展示天然结构的内部接触减弱，而结构间接触因折叠-结合竞争而增强。我们讨论了二聚化如何通过相互作用面上的增强可变性实现，以及各天然结构的可设计性在引入压力后如何变化。
引用
@article{arxiv.2303.12431,
title = {Evolutionary Dynamics of a Lattice Dimer: a Toy Model for Stability vs. Affinity Trade-offs in Proteins},
author = {Emanuele Loffredo and Elisabetta Vesconi and Rostam Razban and Orit Peleg and Eugene Shakhnovich and Simona Cocco and Rémi Monasson},
journal= {arXiv preprint arXiv:2303.12431},
year = {2023}
}
备注
New mutational protocol based on the background amino acids distribution. Updated Fig. 7-8. Added new Fig. 14 that shows residual frustration on couplings before and after dimerization