通过色氨酸拉链肽的长时模拟评估力场精度
生物大分子
2011-08-23 v1 生物物理
摘要
我们将快速多时间步长LN积分器的自定义实现与并行回火相结合，以探索隐式溶剂中小肽在微秒时间尺度上的折叠特性。我们将此算法应用于合成的β-发夹trpzip2及其序列变体W2W9。每次模拟包含超过12微秒的聚合虚拟时间。若干折叠行为的度量显示出收敛性，从而允许与实验平衡性质进行比较。我们的模拟表明，色氨酸侧链的静电相互作用是天然折叠结构稳定性的主要原因。我们得出结论，ff99力场结合ff96的φ和ψ二面角能量以及隐式溶剂可以再现trpzip2和W2W9中合理的折叠行为。
引用
@article{arxiv.1009.0303,
title = {Evaluating force field accuracy with long-time simulations of a tryptophan zipper peptide},
author = {Natha R. Hayre and Rajiv R. P. Singh and Daniel L. Cox},
journal= {arXiv preprint arXiv:1009.0303},
year = {2011}
}
备注
10 pages, 11 figures, submitted to the Journal of Chemical Physics on June 28, 2010