利用马尔可夫链蒙特卡洛模拟估计病毒感染参数
定量方法
2015-02-10 v2 种群与进化
摘要
给定一个量化大流行性流感 H1N1pdm09-H275 野生型 (WT) 和 H1N1pdm09-H275Y 突变型 (MUT) 毒株病毒感染的数学模型，我们描述了一种使用蒙特卡洛方法估计模型常数参数的简单方法。蒙特卡洛参数估计方法相较于此类研究中先前使用的自助法 (bootstrapping) 具有某些优势：结果包含实际的参数分布（后验分布），可用于比较不同的病毒毒株；恢复的参数分布提供了一种计算可信区间的确切方法（类似于频率学派的 95% 参数置信区间 (CI)），进而在使用合适的分析统计量时，其区间宽度将窄于从自助法获得的区间；在适当的计算并行化下，蒙特卡洛方法也比自助法更快且计算强度更低。我们将高斯分布拟合到参数后验分布，并使用双侧 Kolmogorov-Smirnoff 检验从参数角度比较这两种毒株；我们的示例结果显示两种毒株有 94% 的差异。此外，基于获得的参数值，我们估计了每种毒株的基本再生数 R0，并表明突变毒株的传染性大于野生型毒株。
引用
@article{arxiv.1501.07850,
title = {Estimating viral infection parameters using Markov Chain Monte Carlo simulations},
author = {V. Predoi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1501.07850},
year = {2015}
}
备注
11 pages, 6 figues