利用能量空间盒式分子动力学增强自动反应发现
化学物理
2019-10-07 v2
摘要
本文将稀有事件加速方法 BXDE 与自动反应发现方法 AutoMeKin 进行接口集成。为测试组合后的 AutoMeKin-BXDE 流程的效率，研究了 α-蒎烯的臭氧化，并与标准 AutoMeKin 进行比较。AutoMeKin-BXDE 定位的中间体和过渡态彼此连接更密集，且比标准 AutoMeKin 发现的那些稳定约 50 kcal/mol。除了节点间边的密度不同外，两个网络均为无标度网络并展现小世界特性，模拟了有机化学的网络。最后，虽然 AutoMeKin-BXDE 发现的过渡态多于先前报道的 O3 + α-蒎烯的过渡态，但标准流程在相同 2.5 ns 模拟时间内未能定位某些已发表的反应路径。总之，混合流程非常有前景，并明显优于 AutoMeKin 中实现的标准模拟算法。BXDE 将在下一版 AutoMekin 中提供。
引用
@article{arxiv.1910.01349,
title = {Enhancing automated reaction discovery with boxed molecular dynamics in energy space},
author = {Rafael A. Jara-Toro and Gustavo A. Pino and David R. Glowacki and Robin J. Shannon and Emilio Martinez-Nunez},
journal= {arXiv preprint arXiv:1910.01349},
year = {2019}
}
备注
10 pages, 4 figures, 2 schemes