EMPOT：利用非平衡 Gromov-Wasserstein 散度的密度图部分对齐与刚体拟合
生物大分子
2023-11-03 v1
摘要
对齐 EM 密度图与拟合原子模型是单颗粒冷冻电镜（cryo-EM）中的关键步骤，近期方法利用了各类算法与机器学习工具。由于在一幅图仅部分适配另一幅图（如一个亚基）时对齐图仍具挑战性，我们在此提出一种新流程 EMPOT（基于最优传输的 EM 部分对齐），用于 3D 图的部分对齐。EMPOT 首先寻找 3D 点云表示间的耦合，其关联于所谓的非平衡 Gromov-Wasserstein 散度，其次利用该耦合寻找最优刚体变换。在利用实验图与结构运行并基准测试我们的方法后，我们显示 EMPOT 在对齐蛋白质复合物亚基及将原子模型拟合至密度图方面优于标准方法，表明部分最优传输在改进 Cryo-EM 流程中具有潜在应用。
引用
@article{arxiv.2311.00850,
title = {EMPOT: partial alignment of density maps and rigid body fitting using unbalanced Gromov-Wasserstein divergence},
author = {Aryan Tajmir Riahi and Chenwei Zhang and James Chen and Anne Condon and Khanh Dao Duc},
journal= {arXiv preprint arXiv:2311.00850},
year = {2023}
}