Kimura双参数矩阵的嵌入性与速率可辨识性
种群与进化
2019-11-28 v2
摘要
判定一个马尔可夫矩阵是否可嵌入(即能否写为某个速率矩阵的指数)即使对于 矩阵也是一个开放问题。我们研究核苷酸替换K80模型的嵌入问题及速率可辨识性。对于这些 矩阵,我们完全刻画了可嵌入K80马尔可夫矩阵的集合以及速率可辨识的可嵌入矩阵的集合。特别地,我们描述了一个具有不可辨识速率的可嵌入矩阵的开放子集。该集合包含具有正特征值的矩阵以及列对角占优矩阵,这可能对系统发育中的参数估计产生影响。最后,我们计算了可嵌入K80矩阵以及具有可辨识速率的可嵌入矩阵的相对体积。本研究完成了更一般模型K81及其子模型的嵌入问题,该问题由后两位作者在另一工作中发起。
引用
@article{arxiv.1902.08555,
title = {Embeddability and rate identifiability of Kimura 2-parameter matrices},
author = {Marta Casanellas and Jesús Fernández-Sánchez and Jordi Roca-Lacostena},
journal= {arXiv preprint arXiv:1902.08555},
year = {2019}
}
备注
20 pages; 10 figures