有效样本量：遗传病例-对照关联分析中相关样本效应的快速估计

患病亲属对家系连锁分析至关重要，然而他们在病例-对照关联研究中导致了独立样本假设的违背。为避免样本间的相关性，常见做法是在关联分析中每个家系仅取一个患病样本。尽管存在若干处理相关样本的方法，但它们仍未被广泛使用，部分原因是这些方法不易实现，或是未被广泛知晓。我们提倡有效样本量方法作为一种简单且易用的处理相关样本的病例-对照关联分析途径。该方法在标准公式中用有效等位基因或基因型计数替换表观计数，从而修正卡方检验统计量、p 值和优势比 95% 置信区间，无需专门计算机程序。我们给出了计算多种亲属对和亲属集合类型有效样本量的简单公式。对于等位基因频率估计，有效样本量方法精确捕捉方差膨胀。对于基因型频率，模拟显示有效样本量提供了令人满意的近似。一个先前被鉴定为 1 型糖尿病易感位点的基因、干扰素诱导解旋酶基因（IFIH1），在应用有效样本量方法时显示出与类风湿关节炎的显著关联。若关联分析中每个家系仅用一个患病同胞，则该显著关联无法确立。我们讨论了有效样本量方法与其他方法——广义估计方程、相关矩阵特征值方差以及基因组对照——之间的关系。