蛋白质的Wriggle现象
统计力学
2007-05-23 v1 高能物理 - 理论
摘要
我们提出了一种算法策略，用于提高寻找蛋白质低能态的蒙特卡罗搜索效率。我们的策略灵感来自蛋白质改变形状的模型。在我们的模型中，当蛋白质在生理条件下折叠时，其主链二面角同步地以四个或更多的组的形式变化，以避免空间碰撞并遵守运动守恒定律。它们wriggle，不是thrashing。我们描述了一个简单算法，可用于在蛋白质折叠的蒙特卡罗模拟中包含wriggling。我们将该wriggling算法与二面角独立变化(thrashing)的代码进行测试。我们的成功标准是折叠蛋白质的α-碳与其天然结构的α-碳之间的平均根均方距离(rmsd)。在10万次蒙特卡罗 sweeps之后，从thrashing切换到wriggling后，平均rmsd的相对减小，对于164个氨基酸(aa)的蛋白质3LZM为11%，对于313个氨基酸的蛋白质1A1S为40%，对于415个氨基酸的蛋白质16PK为47%。这些结果表明wriggling是有用的，并且其效用随蛋白质大小的增加而增加。可以在并行计算机或计算机农场上实现wriggling。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0108217,
title = {Droplet Nucleation and Domain Wall Motion in a Bounded Interval},
author = {Robert S. Maier and D. L. Stein},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0108217},
year = {2007}
}
备注
REVTeX, 4 pages, 3 Postscript figures