WW 结构域的主导折叠路径
生物大分子
2011-11-16 v1 软凝聚态物质
统计力学
摘要
我们应用主导反应路径（DRP）方法，使用现实的原子力场研究了 WW 结构域 Fip35 的折叠机制。我们发现了存在两条折叠路径的证据，这两条路径的区别在于两个发夹结构的形成顺序。该结果与对 WW 结构域折叠动力学的实验数据分析以及对该系统进行的大规模分子动力学（MD）模拟所获得的结果相一致。在两个粗粒化模型中进行的自由能计算支持了我们结果的稳健性，并表明主导路径的定性结构主要由天然相互作用所塑造。以原子细节计算一条折叠轨迹在 48 个 CPU 上仅需约一小时。计算效率的提升为系统研究大量球状蛋白质的折叠路径打开了大门。
引用
@article{arxiv.1111.3518,
title = {Dominant Folding Pathways of a WW Domain},
author = {S. a Beccara and T. Skrbic and R. Covino and P. Faccioli},
journal= {arXiv preprint arXiv:1111.3518},
year = {2011}
}