蛋白质折叠动力学中的过渡态：模拟小β-折叠蛋白的Φ值
生物大分子
2009-11-13 v1
摘要
小型单结构域蛋白质通常在变性态和天然态之间仅表现出单个自由能垒或过渡态。这些蛋白质的折叠动力学通常通过突变分析来探索。一个核心问题是从突变数据中可以推导出关于过渡态的哪些结构信息。在本文中，我们对两种小型β-折叠蛋白质（PIN 和 FBP WW 结构域）的突变Φ值进行了建模和结构解释。这些 WW 结构域的天然结构包含两个形成三股β-折叠的β-发夹。在我们的模型中，我们假设过渡态由两种构象组成，其中任一发夹已形成。这种过渡态最近在小设计三股β-折叠蛋白质的分子动力学折叠 - 去折叠模拟中被观察到。通过将突变引起的自由能变化分解为两个发夹和蛋白质小疏水核心的项，以及通过拟合单个参数（即过渡态中发夹 1 和 2 形成的相对程度），我们与实验数据获得了良好的一致性。该模型有助于理解突变如何影响 WW 结构域的折叠动力学，并捕捉到了难以解释的负Φ值。
引用
@article{arxiv.0709.3359,
title = {Transition states in protein folding kinetics: Modeling Phi-values of small beta-sheet proteins},
author = {Thomas R. Weikl},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.3359},
year = {2009}
}
备注
27 pages, 6 pages, 3 tables; to appear in Biophys. J