多价烧桥棘轮运动中对维度依赖的跨接行为
生物物理
2018-09-19 v1 统计力学
亚细胞过程
摘要
烧桥棘轮（BBR）机制是一种有偏分子运动模型，其中构造体在前进时破坏轨道结合位点，因而充当扩散觅食者，寻找新的底物位点。利用实现 Gillespie 算法的蒙特卡洛模拟，我们研究了简单多价 BBR 在宽度递增的轨道上运动时的动力学特征。我们发现，随着轨道宽度增加，BBR 在相当于多价步行者跨度（腿长）的相当大轨道宽度内保持近弹道运动，之后在二维轨道上转变为近常规扩散。我们发现 BBR 的轨道结合时间与超扩散性之间，在跨度、多价性与轨道宽度的 BBR 设计参数空间中存在权衡。此外，我们发展了分析模型来描述轨道上的系综平均运动，发现其与我们的 Gillespie 模拟结果吻合良好。本工作为实验者寻求优化方向性与轨道结合时间的从头设计 BBR 及其相关轨道提供了设计准则的见解。
引用
@article{arxiv.1806.08066,
title = {Dimensionality-dependent crossover in motility of polyvalent burnt-bridges ratchets},
author = {Chapin S. Korosec and Martin J. Zuckermann and Nancy R. Forde},
journal= {arXiv preprint arXiv:1806.08066},
year = {2018}
}
备注
Includes SI, but not supporting movies