野生型与突变型 Huntingtin 及 TP53 蛋白相互作用网络模块的比较：对生物过程与功能的启示
分子网络
2015-06-16 v1 生物物理
摘要
致病突变通常会改变突变蛋白的相互作用伙伴。在本文中，我们提出突变的生物学后果与相应蛋白质 - 蛋白质相互作用网络（PPIN）的改变直接相关。我们以导致亨廷顿病（HD）的 Huntingtin (HTT) 突变以及与不同癌症相关的 TP53 突变作为两个案例进行研究。我们分别构建了野生型和突变型蛋白的 PPIN，并识别了每个网络的结构模块。随后通过针对生物过程（BPs）的基因本体（GO）富集分析评估了这些模块的功能角色。我们发现，突变型 PPIN 中大量显著富集（p<0.0001）的 GO 术语在野生型 PPIN 中不存在，表明突变导致了 BPs 的获得。同样，一些在野生型 PPIN 中富集的 GO 术语在突变型 PPIN 的模块中不再存在，代表了丧失。突变型与野生型网络模块中共有的 GO 术语表明 BPs 既有丧失也有获得。我们进一步通过对相关富集 GO 术语进行分类，为每个模块分配了相关的生物学功能。结果表明，HTT 网络中的大多数这些生物学功能已知在 HD 中发生了改变，而 TP53 网络中的功能则在癌症中发生了改变。我们认为，BPs 及其相应生物学功能的获得是由于突变蛋白获得了新的相互作用伙伴。我们在此采用的方法可应用于那些突变改变了蛋白与其他蛋白相互作用能力的遗传性疾病研究。
引用
@article{arxiv.1307.3628,
title = {Comparison of Modules of Wild Type and Mutant Huntingtin and TP53 Protein Interaction Networks: Implications in Biological Processes and Functions},
author = {Mahashweta Basu and Nitai P. Bhattacharyya and Pradeep K. Mohanty},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.3628},
year = {2015}
}
备注
35 pages, 10 eps figures, (Supplementary material and Datasets are available on request)