基于 Gromov-Wasserstein 距离的原子环境分类
材料科学
2021-10-29 v1 原子与分子团簇
摘要
解释分子动力学模拟通常涉及对局部原子环境的自动分类以识别感兴趣区域。现有方法一般局限于少量参考结构，且只包含局部化学组成的有限信息。本工作提出使用 Gromov-Wasserstein（GW）距离的一种变体来量化局部原子环境与一组任意参考环境之间的差异，该差异对原子位移、原子缺失以及化学组成差异均敏感。这涉及将局部原子环境描述为有限度量测度空间，其额外优点是不要求局部环境以某个原子为中心，且不对材料类别做任何假设。数值例子说明了该算法的有效性与通用性。
引用
@article{arxiv.2011.01300,
title = {Classification of atomic environments via the Gromov-Wasserstein distance},
author = {Sakura Kawano and Jeremy K. Mason},
journal= {arXiv preprint arXiv:2011.01300},
year = {2021}
}