具有显式侧向键动力学微管动力学化学机械模拟
亚细胞过程
2021-08-31 v1 生物大分子
摘要
我们引入并参数化了一个二聚体水平的微管动力学化学机械模型，该模型基于别构微管蛋白模型，并包含微管蛋白二聚体的附着、脱离与水缩（水解），以及侧向键的拉伸、纵向连接处的弯曲，和侧向键断裂与形成的可性能。该模型计算高效，使我们能在真实的微管蛋白浓度和水解速率下达到足够长的模拟时间，从而观察到反复的灾变与救援事件，并由此推导灾变与救援速率。该化学机械模型还使我们能够深入了解 GTP-微管蛋白帽结构的微观特征，以及触发微管灾变与救援的微观结构特征。稀释模拟显示出与实验的定性一致。我们还探讨了机械力对水解过程及 GTP-微管蛋白帽结构可能产生反馈的后果。
引用
@article{arxiv.2104.14189,
title = {Chemomechanical simulation of microtubule dynamics with explicit lateral bond dynamics},
author = {Matthias Schmidt and Jan Kierfeld},
journal= {arXiv preprint arXiv:2104.14189},
year = {2021}
}
备注
37 pages + 14 figures + supplementary material