表征亲环素 A - 环孢素 A 复合物 I 的折叠核心：氢交换数据与刚性分析
生物大分子
2015-04-09 v1
摘要
确定“折叠核心”有助于深入了解蛋白质的结构、柔性、迁移率和动力学，从而最终揭示其功能，这是结构生物学的核心关注点。配体结合时折叠核心的变化尤为引人关注，因为它们可能与药物诱导的功能变化相关。亲环素 A 是一种多功能配体结合蛋白，也是重要的药物靶点。它在蛋白质折叠过程中主要作为酶发挥作用，同时也是免疫抑制剂药物环孢素 A (CsA) 的主要结合伙伴。在此，我们利用氢 - 氘交换 (HDX) 核磁共振波谱技术确定了 CypA-CsA 复合物的折叠核心。我们还使用了 FIRST 软件中实现的快速计算工具刚性分析，以确定该复合物的理论折叠核心。此外，我们生成了未结合蛋白的理论折叠核心，并将其与先前发表的 HDX 数据进行了比较。FIRST 方法能很好地预测 HDX 折叠核心，但我们发现它尚不足以灵敏地预测配体结合对 CypA 的影响。
引用
@article{arxiv.1407.4436,
title = {Characterizing the folding core of the cyclophilin A - cyclosporin A complex I: hydrogen exchange data and rigidity analysis},
author = {J. W. Heal and R. A. Römer and C. A. Blindauer and R. B. Freedman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.4436},
year = {2015}
}
备注
15 pages