空间生长种群中谱系的分支结构及其对群体遗传学推断的启示
种群与进化
2022-06-08 v2
摘要
生长仅限于扩张边缘的空间模型,已成为理解如微生物菌落与无血管肿瘤等生长中细胞种群的种群动态与克隆尺寸分布的重要工具。对空间生长所产生的合并过程的完整刻画仍然缺失,限制了我们将经典群体遗传学推断应用于空间生长种群的能力。在此,我们利用细胞谱系与有向聚合物的物理类比,通过研究二维 Eden 模型生成的细胞谱系的统计性质来开始填补这一空白。我们的分析为可通过测序轻松评估的种群测量(如平均 segregating sites 数与种群子样本的克隆尺寸分布)提供了定量估计。我们的结果不仅揭示了生长过程中生成的谱系的显著特征,也凸显了若不当应用非空间模型会被误读为选择信号的新性质。
引用
@article{arxiv.2112.13639,
title = {Branching structure of genealogies in spatially growing populations and its implications for population genetics inference},
author = {Armin Eghdami and Jayson Paulose and Diana Fusco},
journal= {arXiv preprint arXiv:2112.13639},
year = {2022}
}
备注
orcIDs: Armin Eghdami 0000-0002-2278-5414, Jayson Paulose 0000-0002-4014-9817, Diana Fusco 0000-0002-1505-7160